Bilindiği üzere kooperatifler 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanunu ve öncesinde 5422 sayılı Mülga Kurumlar Vergisi Kanununda vergi mükellefleri arasında sayılmak suretiyle vergi mükellefiyeti ile ilgili hususlar, muafiyet ve istisna hükümleri ayrı ayrı düzenlenmiştir. Yalnızca ortaklar arasında faaliyette bulunan, ortak içi işlemler yapan kooperatifler kurumlar vergisinden muaf tutulurken, ortaklar dışında diğer kişilerle faaliyette bulunan kooperatifler ise ortak dışı işlemleri bakımından kurumlar vergisine tabi tutulmakta fakat bu kooperatiflerde de ortak içi işlemler dolayısıyla oluşan kazançlar vergiden istisna edilmektedir.
Sahip oldukları arsaları üzerinde inşaat faaliyetine uzun yıllar geçtiği halde başlamayan veya uzun yıllar geçtiği halde inşaat işlerini tamamlayamayan ve amacını gerçekleştiremeyen kooperatiflerde ortaklar ortaklık paylarını satışa konu etmektedir. Bazen inşaat tamamlanmış bile olsa çeşitli nedenlerle kooperatif tasfiye edilmemiş ve henüz bireysel mükellefiyete geçilmemiş kooperatiflerde de ortaklık payının satışı söz konusu olabilmektedir. Maliye Bakanlığı bu nevi hisse satışlarından elde edilen kazançları Gelir Vergisi Kanununun Mükerrer 80’nci maddesinin 4 numaralı fıkrası kapsamına dahil ederek vergilendirmeye konu etmektedir.
GVK’nın Mükerrer 80/6’ncı maddesi kapsamında ele alındığı takdirde görülmektedir ki, GVK Mükerrer madde 80/6 da belirtilen parantez içi hükmü “Kooperatiflerin ortaklarına bu sıfatları dolayısıyla tahsis ettikleri gayrimenkulleri tahsis tarihinde ortak tarafından satın alınmış sayılır” şeklinde düzenleme ile gayrimenkul tahsisi yapılan kooperatiflerin ortakları için konuyu netleştirmiştir.
Bununla birlikte uzun yıllar sonra elden çıkarılan, üzerinde henüz inşaat yapılmamış kooperatif ortaklık paylarından elde edilen kazançlar için Mükerrer madde 80/1’nci maddesince ayrı bir yorum yapmak da mümkün bulunmaktadır.
Kanunun Mükerrer 80’nci maddesi kapsamında konunun dikkate alınması durumunda yasal olarak Mükerrer 80/4 bent hükmü çerçevesinde kooperatif ortaklık paylarının devrinden elde edilen kazançların vergilendirilmesi kanuna uygun olup diğer bent hükümlerine göre vergilendirilmesi söz konusu olamaz. Platformda ortaya çıkan ikinci bir görüşe göre ise kooperatif ortaklık paylarının devrinin hisse senetlerinin devri ile eşdeğer olarak düşünülmesinde ve yorumlanmasında bir yanlışlık bulunmamaktadır. Bu görüşe göre esasen madde hükmü de bu konuda açık değildir. Ticari amacı olmayan yapı kooperatiflerinde ortakların kooperatif ortaklık paylarının inşaatlar tamamlanmadan elden çıkarılmasından elde edilen kazançların GVK Mük. 80/4 madde kapsamında vergilenmesi yolundaki görüşün doğru olmayacağı değerlendirilmektedir.